Asal-usul kata yang menjadi nama desa ini, yaitu bongopini berasal dari bahasa Gorontalo yang artinya adalah kelapa kuning keemasan yang biasanya sering dipakai saat upacara adat Gorontalo.
Sejarah pembentukan desa
Sebelum berdiri sendiri, desa Bongopini dulunya merupakan bagian dari wilayah desa Bongoime.
Pada tahun 1994 desa Bongoini terbentuk setelah memisahkan diri dari desa Bongoime.
Sejak terbentuknya desa sampai sekarang yang menjabat sebagai Kepala Desa adalah sebagai berikut:.[1]
Sensi Bobihu: tahun 1994-1995
Suwiro Mahmud: tahun 1995-1996
Thamrin Kuka: tahun 1996-2000
Idris Mantau: tahun 2000-2013
Ismet Hamzah: tahun 2014 (Petahana)
Sarana dan prasarana
Sarana dan prasarana yang ada di desa Bongopini adalah sebagai berikut:
