Pada tahun 1995, beberapa wilayah di Kabupaten Bogor dipisahkan dari kabupaten induk dan masuk ke dalam wilayah Kota Bogor, sebagian diantaranya masuk ke dalam wilayah kecamatan ini. Adapun kelurahan yang dipisahkan dari Kabupaten Bogor dan masuk ke dalam wilayah Kecamatan Bogor Selatan adalah:[3]
Seiring Kota Bogor semakin maju dan pesat, maka seluruh desa di kecamatan ini ditingkatkan statusnya menjadi kelurahan. Dan juga diberlakukan kode pos baru untuk desa-desa yang baru saja ditingkatkan statusnya. Adapun daftar desa yang ditingkatkan statusnya dengan kode pos baru adalah:
