Penempatan

Sebanyak 16 tim bermain di babak kualifikasi ketiga. Mereka dibagi menjadi dua jalur:

• Jalur Juara (10 tim): 10 tim yang kalah pada babak kualifikasi kedua Liga Champions UEFA 2021–22 (Jalur Champions), yang identitasnya tidak diketahui pada saat pengundian. Tidak ada penempatan. Karena alasan politik, tim dari Azerbaijan dan Armenia tidak dapat ditarik satu sama lain, dengan demikian pihak yang kalah dalam hubungan antara Neftçi Baku/Olympiacos dan Alashkert/Sheriff Tiraspol tidak dapat ditarik satu sama lain.
• Jalur Utama (6 tim): Tim-tim yang diunggulkan sebagai berikut:
  • Diunggulkan: 3 tim yang masuk di babak ini.
  • Tidak diunggulkan: 3 kalah dari babak kualifikasi kedua Liga Champions UEFA 2021–2022 (Jalur Liga), yang identitasnya tidak diketahui pada saat pengundian. Tim dari asosiasi yang sama tidak dapat ditarik melawan satu sama lain, sehingga tim berikut tidak dapat ditarik melawan satu sama lain:
    • Skotlandia: St Johnstone dan yang kalah dalam pertandingan antara Celtic/Midtjylland
    • Ceko: Jablonec dan yang kalah dalam pertandingan antara Sparta Praha/Rapid Wien

Tim pertama yang ditarik di setiap pertandingan akan menjadi tim tuan rumah pada leg pertama.

Ringkasan

Leg pertama dimainkan pada 3 dan 5 Agustus, dan leg kedua dimainkan pada 10 dan 12 Agustus 2021.

Pemenang maju ke babak play-off. Yang kalah dipindahkan ke babak play-off Liga Konferensi Eropa dari jalurnya masing-masing.

Jalur Juara

Tim 1	Agregat	Tim 2	Leg 1	Leg 2
Omonia	2–2 (5–4 a.p.)	Flora	1–0	1–2 (p.w.)
Mura	1–0	Žalgiris	0–0	1–0
Kairat	2–3	Alashkert	0–0	2–3 (p.w.)
Lincoln Red Imps	2–4	Slovan Bratislava	1–3	1–1
Neftçi Baku	2–5	HJK	2–2	0–3

Jalur Utama

Tim 1	Agregat	Tim 2	Leg 1	Leg 2
Jablonec	2–7	Celtic	2–4	0–3
Rapid Wien	4–2	Anorthosis Famagusta	3–0	1–2
Galatasaray	5–3	St Johnstone	1–1	4–2

Penempatan

Sebanyak 20 tim bermain di babak play-off. Tim diunggulkan menjadi empat "grup prioritas":

• Prioritas 1: 6 tim yang masuk di babak ini.
• Prioritas 2: 6 kalah dari babak kualifikasi ketiga Liga Champions UEFA 2021–2022 (Jalur Juara), yang identitasnya tidak diketahui pada saat pengundian
• Prioritas 3: 5 pemenang babak kualifikasi ketiga (Jalur Juara), yang identitasnya tidak diketahui pada saat pengundian
• Prioritas 4: 3 pemenang babak kualifikasi ketiga (Jalur Utama), yang identitasnya tidak diketahui pada saat pengundian

Prosedur pengundian adalah sebagai berikut:

1. Tiga tim prioritas 4 diundi melawan tim prioritas 1 untuk menghasilkan tiga seri, hingga tidak ada lagi tim prioritas 4 yang tersisa.
2. Tiga tim prioritas 1 yang tersisa diundi melawan tim prioritas 3 untuk menghasilkan tiga seri, hingga tidak ada lagi tim prioritas 1 yang tersisa.
3. Dua tim prioritas 3 yang tersisa diundi melawan tim prioritas 2 untuk menghasilkan dua seri, hingga tidak ada lagi tim prioritas 3 yang tersisa.
4. Empat tim prioritas 2 yang tersisa ditarik satu sama lain untuk menghasilkan dua seri.

Tidak ada perlindungan negara untuk babak ini, sehingga tim dari asosiasi yang sama dapat saling berhadapan. Tim pertama yang ditarik di setiap pertandingan akan menjadi tim tuan rumah pada leg pertama.

Ringkasan

Leg pertama dimainkan pada 17, 18, dan 19 Agustus, dan leg kedua dimainkan pada 26 Agustus 2021.

Pemenang pertandingan melaju ke babak grup. Yang kalah dipindahkan ke babak grup Liga Konferensi Eropa.

Tim 1	Agregat	Tim 2	Leg 1	Leg 2
Randers	2–3	Galatasaray	1–1	1–2
Rapid Wien	6–2	Zorya Luhansk	3–0	3–2
Celtic	3–2	AZ	2–0	1–2
Fenerbahçe	6–2	HJK	1–0	5–2
Mura	1–5	Sturm Graz	1–3	0–2
Omonia	4–4 (2–3 a.p.)	Royal Antwerp	4–2	0–2 (p.w.)
Olympiacos	5–2	Slovan Bratislava	3–0	2–2
Rangers	1–0	Alashkert	1–0	0–0
Slavia Prague	3–4	Legia Warsaw	2–2	1–2
Red Star Belgrade	6–1	CFR Cluj	4–0	2–1