Karier Andreas Cleyer diawali sebagai seorang perwira biasa, yang kemudian diangkat sebagai pegawai VOC, diperkirakan pada tahun 1666. Ia kemudian ditempatkan di apotekrumah sakit militer VOC karena latar belakang pendidikan sains dan kedokterannya. Ia juga kemudian diangkat sebagai kepala sekolah bahasa Latin.
Karena kemampuannya, ia dikenal di kalangan elite VOC di Batavia pada pertengahan abad ke-17. Kepopulerannya berbuah hingga ia diangkat menjadi seorang magistrat pada sistem peradilan VOC di Batavia pada 1680. Selanjutnya, ia ditempatkan di Dejima, Jepang pada tahun 20 Oktober 1682- 8 November1683 sebagai 'Opperhoofd' pada pos perniagaan VOC. Ia mengaku berkebangsaan Belanda di sana, karena pada masa Edo waktu itu hanya orang Belanda VOC yang diizinkan masuk. Kembali pada 17 Oktober 1685 hingga 5 November 1686 ia ditugaskan ke Dejima. Ia kembali ke Batavia setelah diusir oleh pemerintahan Keshogunan Tokugawa karena dianggap gagal mengendalikan penyelundupan.
Jasa Cleyer terutama adalah mengoleksi dan melakukan katalogisasi flora dan faunaAsia Tenggara, terutama Nusantara, dan mendeskripsikannya untuk kepentingan pengobatan. Cleyer diketahui sebagai orang yang memperkenalkan sejumlah tumbuhan dari Asia Timur ke Asia Tenggara dan Eropa. Salah satunya adalah teh dari Cina ke Jawa, serta peoni dari Cina ke Eropa.
Karya
Cleyer meninggalkan banyak tulisan, di antaranya
Specimen Medicinae Sinicae, sive Opuscula Medica ad Mentem Sinensium. Zubrodt, Frankfurt 1682.
Clavis medica ad Chinarum doctrinam de pulsibus / autore Michaele Boymo … in lucem Europaeam produxit Cl. Dn. Andreas Cleyerus …. Norimbergae, 1686.
