Perlis melanjutkan studinya di bidang matematika di MIT, yang kemudian meraih gelar master pada tahun 1949 dan Ph.D. pada tahun 1950. Judul disertasinya adalah "On Integral Equations, Their Solution by Iteration and Analytic Continuation".
Perlis meraih penghargaan Turing Award atas jasanya dalam bidang teknik pemrograman mutakhir dan konstruksi kompilator. Sebelumnya, Perlis merupakan anggota tim yang mengembangkan bahasa pemrograman ALGOL.