Penduduk asli kecamatan Aek Kuo adalah suku Batak, yang merupakan suku terbesar di kecamatan ini, dengan 48,22% dari total populasi Aek Kuo (sebagian besar Batak Toba dan Batak Angkola). Selain itu, sebagian penduduknya adalah suku Jawa (47,17%), Melayu (3,55%), Minangkabau (0,88%), dan lainnya (0,18%) pada tahun 2020.